Ratchet náhodou zachytí signál Decepticonské bitevní lodi, ovšem ihned zachytí i signál Autobotí lodi. Optimus tedy s Ratchetem vyrazí na pomoc Autobotům. Loď ovšem ztroskotala už před tisíciletími. Při vstupu do lodi zjistí, že Autoboti v ní jsou už mrtvý, ale nezemřeli při havárii, ale díky viru, který může být ještě aktivní. Nestabilní loď nakonec způsobí, že se do Optimovi optiky dostane kontaminované energon a nakazí ho.

Ratchet na základně zjišťuje, že Optimus je nakažen Cybonickým morem, který na začátku války zabil mnoho vojáků. Vynalezl ho samotný Megatron, Autoboti bohužel, ale nemají lék, ale stále znají polohu Decepticonské lodi. Arcee s Bumblebee se na loď vypraví a začnou v laboratoři hledat protilátku, aby mohli uzdravit Optima. Nenajdou lék, ale naleznou Megatrona v komatu. Arcee už s ním chce skoncovat, ale Ratchet jí zastaví s tím, že Megatron je jediný, kdo může Optima zachránit, jelikož zná lék.

Starscream mezitím vyšiluje, protože není opravené jejich maskování a Autoboti tak mohou zjistit jejich polohu. Knock Out, právě přicházející z ošetřovny, ho informuje o stále stejném Megatronově stavu. Starscream by se už rád Megatrona zbavil a nakonec s Knock Outovou pomocí, se domluví na trvalém odstranění Megatrona, ale tak, aby je Soundwave nepodezíral.

Optimův stav se neustále zhoršuje, a tak se Bumblebee obětuje a vstoupí pomocí kortikálně-psychického spojení do Megatronova mozku. Objeví se v Kaonu, Decepticonském městě, kde Megatron bojuje den za dnem s Optimem, kterého vždy porazí. Bumblebee se mu nakonec ukáže a Megatron si tím, začne uvědomovat, že je ve svém snu a začne vyzvídat, co se stalo s jeho tělem.

Autobotům dochází čas, protože na ošetřovnu právě vešel Starscream s Knoc Outem a Soundwavem, aby mohli Megatrona odpojit a tím ho ušetřit trápení, protože bez pomoci přístrojů nepřežije. Bumblebee řekne Megatronovi proč přišel, a ten nakonec po pár argumentech souhlasí a ukáže mu vzorec léku, ale dá mu ho pod podmínkou, že ho dostane z jeho snů pryč.

Jelikož Ratchet vzorec přečetl, může Arcee Bumblebeeho odpojit, Megatron ovšem chce také ven. Oběma Autobotům se povede dostat na základnu včas a Optima uzdravit. Na Decepticonské lodi mezitím Knock Out zjišťuje, že Megatron nevykazuje žádnou mozkovou aktivitu. Všichni blahopřejí Bumblebeemu, ten ovšem po chvíli zjišťuje, že se Megatron přenesl do jeho hlavy.